农村产业发展面临着农业生产效益相对较低，农业基础设施仍需完善、涉农企业和新型农村经营主体实力不强、农业社会化服务体系不健全、农村产业融合发展层次较低等诸多问题和短板，对实现产业兴旺构成障碍和挑战。
一、农业生产效益相对较低，农民和企业不愿投入。当前农业生产和涉农企业面临农产品价格“天花板”和生产成本抬升的挤压，特别是土地成本和人工成本涨幅较大，限制了农业生产的增收空间和涉农企业的盈利空间，导致农业生产和涉农企业比较效益低下。另外，气候和环境的极端变化导致的干旱或水灾等自然灾害增加了农业生产的不稳定性。因此，很多农民、企业都不愿意增加投资和投入。
二、农村基础设施仍然薄弱，不能适应产业发展需求。一是水利设施抗灾能力不足。农村水库塘堰和排灌设施建设滞后、维护不到位，抗旱和排涝功能不足，降低了农业抵御自然灾害的能力，一旦发生严重旱灾或水灾，种植业、林业和水产养殖业都容易造成损失。二是农村路网运能仍显不足。“村村通”公路虽然通到了村子，但农产品很多在山上，在偏远的地方，从山上、地头到车上仍存在“最后一公里”的问题。三是人居环境有待改善。实现农业与二、三产业的深度融合和持续发展是产业兴旺的重要途径，发展农产品加工业、休闲农业、乡村旅游业、农村康养业等，离不开通畅的交通、稳定的水电、优美的环境等，目前很多乡村在这些基础设施建设方面存在不足。
三、农业社会化服务体系不健全，对产业兴旺的支撑作用不足。一是基层农技推广服务体系不完善。农技推广人员主要以种养能手为主，存在学历低、知识结构单一、对新技术掌握不够熟练等问题，基层农技推广服务人员的服务水平不能适应农业和企业的需要。二是农村社会化服务组织带动作用有限。如部分从事经营服务的专业合作社缺乏现代经营管理理念，组织管理能力不高，辐射带动作用不强；部分农业产业化龙头企业与农户联系不紧密，不能对农户生产、销售等进行指导和带动。三是对农业产后服务不够，缺乏农产品保鲜、加工、销售和贮藏等产后服务，经常发生蔬菜和水果烂掉的现象。
四、涉农企业整体实力不强，尚未成为带动乡村产业兴旺的骨干力量。一是涉农企业市场竞争力不足，抗风险能力低。农业是弱势产业，受环境、气候、季节的影响大，生长周期长，投资大，见效慢，效益低，除中储粮等少数大型国企因国家安全战略考虑介入外，大的社会资本多不愿以其为主业深度介入，因此大多数涉农民营企业规模较小。县域内实力较强的涉农民营企业不多，“土生土长”的企业多是“白手起家”，如果稳打稳扎，在自己的“一亩三分地”上尚有“碗饭吃”，但在国内大市场这个“大江大河”里就很难立足甚至会“触礁沉没”。二是涉农企业产品不能适应高端需求，市场占有率低。民营企业自主研发能力弱，缺乏拳头产品和知名品牌，随着城乡居民对美好生活的需求不断增长，特别是消费者不仅仅满足于吃饱喝足，而是追求更健康的饮食结构，低端产品与消费者对优质农产品需求之间的矛盾突出。同时，当前涉农企业的产品多是“大路货”，产品科技含量和附加值不高，很容易被同类企业同类产品所取代，如孝感市分行多年支持的一家粮食加工企业，其生产的大米品质一般，以前主要销往南方省份的工厂和学校，销路好时，农发行贷款最高达到1500万元，但近几年销售市场逐步萎缩，企业生产经营受到很大的影响，银行信贷规模也压缩到600万元。三是不同企业生产能力过剩或不足的问题并存。如某食品公司是国内知名企业，销售市场广阔，但企业周边原材料不能满足其生产需求，企业生产规模多年没有扩大，市场占有率难以进一步提高。而有的中小型企业虽有一定的生产加工能力，但没有品牌和市场，造成产品库存积压，经营比较困难。
